أعلنت مؤسسة القدس استنكارها الشديد لقرار وزير الأمن الداخلي في الكيان الصهيوني (تساحى هانغبي) بالسماح لليهود بإقامة طقوسهم الدينية داخل المسجد الأقصى المبارك، محذرة من عواقب هذا القرار ونبهت المؤسسة في بيان أصدرته يوم الثلاثاء 20/5/2003م، في بيروت إلى أن القرار الصهيوني يأتي في سياق البرنامج الصهيوني الاستراتيجي لتهويد مدينة القدس والمقدسات الإسلامية وفي مقدمها المسجد الأقصى الشريف، وهو خطوة مكملة لجريمة إحراق المسجد على أيدي اليهود المتطرفين عام 1969م، وللخطوة التي قام بها أرييل شارون في تدنيس باحة المسجد الأقصى عام 2000 وما بينهما من محاولات واعتداءات تستهدف مشاعر العرب والمسلمين عموماً.

وأعلنت (مؤسسة القدس) تضامنها مع الشعب الفلسطيني في موقف لمواجهة لهذا القرار، مستنكرة أيضاً اعتقال رئيس الحركة الإسلامية ورئيس مؤسسة الأقصى لإعمار المقدسات الإسلامية الشيخ رائد صلاح.

ووجهت المؤسسة رسالة إلى الدول العربية والإسلامية و(منظمة الأقصى الإسلامي) و(لجنة القدس) دعتهم فيها للقيام بواجباتهم تجاه المسجد الأقصى المبارك والمقدسات الأخرى والعمل بكل الوسائل لحمايتها من الخطر الصهيوني الزاحف عليها.

وشددت على ضرورة أن تلقي تصريحات الوزير الصهيوني الرد المناسب كونها تمثل استفزازاً لمشاعر الأمة واعتداء صارخاً على رمز من رموزها الإسلامية.

وأهابت (مؤسسة القدس) بعلماء الأمة ومفكريها ومثقفيها بأن يضطلعوا بدورهم لتنبيه الأمة حيال المخططات الصهيونية التي تستهدف المسجد الأقصى وأن يأخذوا موقعهم في مساندة الشعب الفلسطيني ومقاومته للعدو الصهيوني وبرامجه التهويدية.

وناشدت (مؤسسة القدس) أبناء الأمة العربية والإسلامية للقيام بدورهم في الدفاع عن القدس والمسجد الأقصى بكل الوسائل المتاحة.

ودعت المقاومين الفلسطينيين (حراس الأقصى) أن يكونوا على أهبة الاستعداد لصد جميع محاولات اقتحام الحرم القدسي الشريف من قبل اليهود والمتطرفين والدفاع عن قبلة المسلمين الأولى التي هي رمز لفلسطين وللأمة العربية والإسلامية.

وحملت المؤسسة الكيان الصهيوني المسؤولية عن أي محاولة لتدنيس المقدسات الإسلامية محذرة من أن أي محاولة لتطبيق القرار الصهيوني سيزيد من سعير الانتفاضة وسيحرك الأمة من مشارق الأرض ومغاربها للدفاع عن المسجد الأقصى (وستجد الدولة الغاصبة نفسها في حرب واسعة وشاملة مع كل الأمة وستكون هي الخاسر فيها).